Menurut Peraturan Daerah Kabupaten Kulon Progo Nomor 12 Tahun 2000 tentang Pembentukan, Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Teknis Daerah, pada pasal 15 dibentuk Badan Pengawasan Daerah sebagai unsur penunjang Pemerintahan Daerah di bidang pengawasan penyelenggaraan Pemerintah Daerah.
Badan Pengawas daerah dipimpin seorang Kepala Badan yang berada dibawah dan bertanggung jawab kepala Kepala Daerah melalui Sekretaris Daerah. Badan Pengawasan Daerah mempunyai tugas membantu Kepala Daerah dalam menyelenggarakan pemerintahan di bidang pengawasan.
Untuk menyelenggarakan tugas tersebut, Badan Pengawasan Daerah mempunyai fungsi Melakukan pemeriksaan terhadap penyelenggaraan Pemerintah Daerah yang meliputi bidang-bidang pemerintahan, perekonoman, kesejahteraan rakyat, pembangunan, pembinaan aparatur, pendapatan dan kekayaan daerah, melakukan pengujian serta penilaian atas hasil laporan setiap unsur dan/atau Instansi di lingkungan Pemerintah daerah atas petunjuk Bupati, melakukan pengusutan kebenaran informasi dan melaksanakan urusan ketatausahaan dan kerumahtanggaan.
Pada tahun 2007 muncul Peraturan Daerah Kabupaten Kulon Progo Nomor 15 Tahun 2007 tentang Perubahan atas Peraturan Daerah Kabupaten Kulon Progo Nomor 12 Tahun 2000 tentang Pembentukan, Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Teknis Daerah.
Pada Tahun 2008, Peraturan Daerah Kabupaten Kulon Progo Nomor 4 Tahun 2008 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja lembaga Teknis Daerah mengubah Badan Pengawasan daerah menjadi Inspektorat Daerah yang merupakan unsur pengawas penyelenggaraan Pemrintah Daerah yang dipimpin oleh Inspektur dan dalam melaksanakan tugasnya bertanggung jawab langsung kepada Bupati dan secara teknis administrative mendapat pembinaan dari Sekretaris Daerah. Pada Peraturan Daerah tersebut menyebutkan Inspektorat mempunyai fungsi perencanaan program pengawasan, perumusan kebijakan dan fasilitasi pengawasan, pemeriksaan, pengusutan, pengujian dan penilaian tugas pengawasan serta pelaksanaan tugas lain yang diberikan Bupati di bidang pengawasan.
Inspektorat mempunyai tugas melaksanakan pengawasan terhadap pelaksanaan urusan pemerintahan, melaksanakan pengawasan terhadap pelaksanaan urusan perekonomian, melaksanakan pengawasan terhadap urusan kesejahteraan sosial, melaksanakan pengawasan terhadap pelaksanaa urusan keuangan dan asset serta kelaksanakan kegiatan ketatausahaan.
Kemudian setelah adanya Peraturan Daerah Nomor 4 tahun 2008, terbentuklah Peraturan Bupati Nomor 24 tahun 2008 tentang Uraian Tugas pada Unsur Organisasi Terendah Inspektorat Daerah Kabupaten Kulon Progo. Menyusul kemudian Peraturan Bupati Nomor 7 tahun 2011 tentang Pola Hubungan Kerja Pejabat Struktural dengan Pejabat Fungsional Auditor di Inspektorat Daerah Kabupaten Kulon Progo.
Dengan berjalannya waktu, terbit regulasi-regulasi perubahan pada Inspektorat Daerah yaitu Peraturan Daerah kabupaten Kulon Progo Nomor 16 Tahun 2012 Tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Teknis Daerah yang melahirkan Peraturan Bupati Nomor 71-80 tahun 2012 tentang Uraian tugas unsur organisasi terendah pada Inspektoran. Dan kemudian pada tahun 2015 terbentuk kembali Peraturan Bupati Kulon Progo Nomor 51 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Fungsi dan Tugas Serta Tata Kerja Pada Inspektorat Daerah Kabupaten Kulon Progo yang disempurnakan kembali dengan terbentuknya Peraturan Bupati Nomor 88 Tahun 2019.
Peraturan Bupati Nomor 88 Tahun 2019 menerangkan bahwa Inspektorat Daerah berkedudukan di bawah dan bertanggung jawab kepada Bupati melalui Sekretaris Daerah yang dipimpin oleh seorang Inspektur. Susunan Organisasi Inspektorat Daerah pada saat ini terdiri dari Inspektur, Sekretaris yang membawahi Sekretariat yang terdiri dari Subbagian Umum dan Kepegawaian, Subbagian Keuangan serta Subbagian Perencanaan. Kemudian dalam melaksanakan tugas, Inspektur dibantu juga oleh Inspektur Pembantu Bidang Pemerintahan, Inspektur Pembantu Bidang Perekonomian dan Kesejahteraan Rakyat, Inspektur Pembantu Bidang Prasarana Wilayah dan Lingkungan Hidup serta Inspektur Pembantu Bidang Investigasi dan Reformasi Birokrasi. Selain itu, di Inspektorat Daerah juga ada Kelompok Jabatan Fungsional.
Inspektorat Daerah pada saat ini mempunyai tugas membantu Bupati dalam membina, dan mengawasi pelaksanaan urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan Daerah dan tugas pembantuan oleh Perangkat Daerah.
Sedangkan untuk melaksanakan tugas, Inspektorat Daerah mempunyai fungsi yaitu perumusan kebijakan teknis bidang pengawasan dan fasilitasi pengawasan, pelaksanaan pengawasan internal terhadap kinerja dan keuangan melalui audit, reviu, evaluasi, pemantauan, dan kegiatan pengawasan lainnya, Pelaksanaan pengawasan untuk tujuan tertentu atas penugasan dari Bupati dan/atau Gubernur sebagai wakil Pemerintahan Pusat, Pelaksanaan pengawasan sebagian urusan keistimewaan, penyusunan laporan hasil pengawasan, pelaksanaan koordinasi pencegahan tindak pidana korupsi, pengawasan pelaksanaan program reformasi birokrasi, pelaksanaan administrasi Inspektorat Daerah Kabupaten serta pelaksanaan fungsi lainnya yang diberikan oleh atasan.